あの大ヒットTVシリーズ「X-ファイル」の劇場版第2弾。FBI捜査官が謎の失踪を遂げた。やがて、その居場所を透視出来るという神父が現れる。神父の指摘した雪中からは、切り落とされた人間の腕が発見された。しかし、その腕の持ち主は失踪した捜査官のものでは無かった…。FBIは事件の異常性を感じ、かつてX-ファイルを担当していたモルダーとスカリーに協力を要請する。果たして神父の透視能力は神から授かった奇跡なのか？やがて、新たな失踪事件が発生、事件は予想もしない方向へと進んでいく…。