ＡＩ“エンティティ”を制御する鍵を手にしたイーサン・ハントは、アメリカ政府が悪用することを懸念し、引き渡しに応じずに政府から追われる身となってしまう。しかし世界の核兵器を制御下に置いて人類を滅亡させようとする“エンティティ”の計画を阻止するため、仲間と共にミッションに挑む。それは海底に沈むロシアの潜水艦＜セヴァストポリ＞から、ソースコードが記録されたディスクを回収するという最も困難な任務だった。