１９８３年の『宇宙戦艦ヤマト　完結編』以来、２６年ぶりに製作された劇場用版の第５作。西暦２２２０年。巨大なブラックホールが太陽系に接近し、あと３ケ月で地球が飲み込まれる事態に。地球連邦政府は移民船団を組織し、地球から２万７０００光年離れた惑星アマールへの移住計画を決行。第１、第２次船団が出発するが、謎の大艦隊の攻撃により消息不明となる。第３次移民船団の艦長に選ばれた古代進は、若きクルーたちと共に宇宙の海へ旅立つが、その先には移住計画を阻止せんとするＳＵＳ艦隊が待ち受けていた。