イギリスの国民的キャラクター“くまのパディントン”を実写映画化したヒットシリーズ第３弾。ペルーを訪れたパディントンが、伝説の黄金郷を巡る冒険を繰り広げる。ブラウン一家とともにロンドンで幸せに暮らしていたクマのパディントンに、故郷ペルーから１通の手紙が届く。それは育ての親であるルーシーおばさんが入居した老グマホームの院長からで、ルーシーが元気がないことを心配するものだった。パディントンとブラウン一家は見舞いのためペルーへと飛ぶが、なぜかルーシーおばさんは失踪していた。パディントンたちは、おばさんの部屋に残された地図を頼りに行方を追ってジャングルへ。