東京湾アクアトンネルで崩落事故が発生する。首相官邸で開かれた緊急会議では、地震や海底火山の噴火など事故原因をめぐって議論が紛糾。そんな中、内閣官房副長官・矢口は、海底に正体不明の巨大生物が生息し、それが事故の原因ではないかと推測する。やがて東京湾に突如として巨大不明生物 “ゴジラ”が出現し、自衛隊に防衛出動命令が下る。