ときは戦国時代。忍術学園に通う乱太郎、きり丸、しんべヱはいつも楽しい毎日を過ごしていた。皆の健康診断をお手伝いしたり、予習大好きな先輩にお礼をしたいと考えたり、突然、ナルシストな先輩の「夢」の話をイヤイヤ聞かせられたり、学園の敷地に入ると雨が降ってくると嘆き、それを励ます先輩の様子を見ている日もある。あとは、方向オンチに巻き込まれたり、医務室に入院した先輩のお見舞いを頼まれたり、学園内に忍び込んだ怪しい忍者から密書を守る三年生の先輩を見守ったり。坂道でカボチャを落としちゃう先輩と、必死に拾う先輩、「ピクニックに行きてぇ」と願う先輩を応援したりもする。そんなてんやわんやな日々を過ごしていても、いつもあかるく、たのしく、ゆかいな学園生活を過ごしている「忍たま」たち。